Het avontuur begint wanneer Jommeke via het nieuws verneemt dat er zich vreemde gebeurtenissen afspelen in de haven van Zeebrugge. Wat aanvankelijk misschien een reeks toevallige incidenten lijkt, is blijkbaar ernstig genoeg om de aandacht van Jommeke te trekken. Zoals wel vaker kan hij het niet laten om zelf op onderzoek uit te gaan. Hij besluit daarom samen met zijn trouwe vrienden Flip en Filiberke en professor Gobelijn naar de haven te trekken om uit te zoeken wat er precies aan de hand is.
Tijdens hun onderzoek stuiten Jommeke en zijn vrienden op een eerste bijzonder spoor. Op de bodem van de Schelde worden vreemde afdrukken ontdekt. De sporen zijn duidelijk ongewoon en roepen onmiddellijk de vraag op welk wezen of welk object ze kan hebben veroorzaakt. Voor professor Gobelijn is zo'n mysterieuze ontdekking natuurlijk een uitnodiging om met een spectaculaire verklaring te komen. Zijn gedachten gaan in de richting van het beroemde monster van Loch Ness. Misschien bevindt zich wel een onbekend monster in de Schelde? Gobelijn staat zoals gewoonlijk open voor een buitengewone wetenschappelijke verklaring.
Jommeke is daar veel minder van overtuigd. Hij gelooft niet zomaar dat er een soort Scheldemonster rondzwemt. De vreemde afdrukken zijn volgens hem ongetwijfeld ergens door veroorzaakt, maar dat betekent nog niet dat er een onbekend monster in de rivier leeft. Het mysterie wordt vervolgens nog groter. De havenkapitein ontvangt een losgeldbrief. De onbekende afzender eist maar liefst 100 miljoen euro. Als dat bedrag niet wordt betaald, zullen er nog meer vreemde gebeurtenissen plaatsvinden in de haven.
Het enige aankopingspunt dat ze hebben is een geheimzinnige motorboot die bijna in aanvaring kwam met "De Kuip" van Jan Haring. Flip vliegt over de haven en ontdekt zo in één van de zijtakken van de Schelde een eenzame motorboot. Hij gaat op verkenning en ziet snel dat hij met oude bekenden te maken heeft. Hij herkent de drie mannen die probeerden Jampudding uit zijn kasteel te zetten en het zeemonster opgesloten hielden. Hij brengt zijn vrienden op de hoogte en niet veel later staan ze in de kajuit van de motorboot. De bandieten zijn niet aanwezig maar ze vinden er wel een breinmanipulater. Een uitvinding van Gobelijn waarvan hij niet wist dat het gestolen was. Dan vallen de puzzelstukjes in elkaar voor Jommeke. Hij is er zeker van de de bandieten het monster weer in hun macht hebben. Enkel een dier van die afmetingen kan immer die schade veroorzaken. Ze maken de breinmanipulator onklaar en gaan naar de politie. Echter, wanneer deze ter plaatse komen zijn de vogels al gaan vliegen. Waar niemand echter op gerekend had is dat de sensor die op het hoofd van het monster zit een kortsluiting heeft gegeven waardoor het nu alle controle kwijt is. Hierdoor is het beest razend en alles op zijn weg moet eraan geloven. Jommeke moet ingrijpen. Hij laat de professor over het monster vliegen zodat hij op de rug kan springen. De dappere poging slaagt en het monster voelt de aanwezigheid van de knaap zelfs niet. Via de schubben kan Jommeke over de nek naar het hoofd van het monster klimmen. Hij moet al zijn kracht gebruiken om het toestel te verwijderen maar toch lukt het. Zonder sensor wordt het dier plots onwel en valt met Jommeke nog steeds op zijn rug in de Schelde. Duikers vliegen ter hulp maar vinden hem niet. Even wordt gevreesd dat het monster op hem is gevallen maar dan komt Dokkie, de zeehond van de schelde boven water. Hij heeft Jommeke gered. Nu moet alleen het monster nog opgevist worden maar voor een haven is dat een koud kunstje. En de boeven? Die konden deze keer niet uit de handen van de politie blijven. Eind goed, al goed.
Opgemerkt: